El 12 de junio de 1959 fue nombrado presidente honorífico del club ante la ovación de toda la junta general de socios. Se volvió a llegar a la final de Copa en 1945 y 1946, pero en ambas ocasiones se perdieron frente al Atlético de Bilbao y Real Madrid, siendo tres las finales consecutivas perdidas y todas ellas en Montjuic, completando así hasta cuatro finales de Copa perdidas en el estadio barcelonés hasta esa fecha en la historia del club. Tras consolidarse en Primera y ganar cuatro campeonatos regionales, de forma consecutiva, logró jugar su primera final a nivel nacional en la Copa en 1934, aunque cayó derrotado 2-1 frente al Madrid CF en Montjuic. La siguiente temporada supuso el primer fracaso europeo al caer sorprendentemente en la primera ronda por el RFC Lieja. Los años 60 empezaron con una irregular temporada a las órdenes del técnico Domingo Balmanya y con Vicente Iborra Gil como presidente, aunque se mejoró durante la segunda vuelta y se terminó en quinta posición. En cuartos el rival fue el Barcelona, vigente campeón de la Recopa anterior, y se logró ganar 0-1 en el Camp Nou con gol de Pablo y luego en la vuelta se ganó 4-3 en un disputadísimo partido con dos goles de Saura y uno de Bonhof y otro de Kempes.
Se disputó a partido único el 24 de junio en el Camp Nou y fue posiblemente la final con el arbitraje más polémico sufrido por el Valencia, obra del portugués Joaquim Fernandes de Campos. En la temporada 1947-48 el equipo fue líder casi toda la segunda vuelta pero justo al final dejó escapar el campeonato perdiendo en la penúltima jornada frente al Barcelona en Mestalla, y luego los resultados en la última jornada no le fueron favorables. La primera vuelta del campeonato 1980/81 el equipo iba segundo en la clasificación y todo hacía presagiar una gran temporada, sobre todo tras haber conquistado la Supercopa de Europa en diciembre, pero una malísima racha de resultados en la segunda vuelta hicieron al equipo caer hasta el sexto puesto. La afición valencianista se quedaba por segundo año consecutivo a las puertas de un título, pero sintiendo con este subcampeonato que el Valencia campeón estaba cada vez más cerca.
La siguiente temporada se quedó a las puertas de otra final de Copa, pero se quedó en las semifinales, pero justo después conquistó su segunda Liga: la Liga de 1944, el 26 de marzo, cuando el club celebraba su 25.º aniversario, y de nuevo a falta de dos jornada para terminar el campeonato. El club también ha tenido dos entrenadores uruguayos, dos brasileños, dos holandeses, un paraguayo, un francés, un checoslovaco y un portugués. Para cerrar la mágica década de los años 40 el club fichó al que sería uno de sus entrenadores que más partidos dirigirá a los valencianistas en toda su historia y también uno de los que más títulos levantaría, el vizcaíno Jacinto Quincoces, que fue seleccionador nacional y entrenador de Zaragoza y Real Madrid. Bankia decidió no refinanciar las deudas de la Fundación y del club al no aprobar el plan de refinanciación presentado por Amadeo Salvo y Aurelio Martínez, y además el aval de la Generalidad Valenciana había sido anulado cautelarmente por un juzgado, lo cual hizo que Bankia solicitara la búsqueda de inversores, haciendo pública la noticia mediante un comunicado mientras se producía la Junta General de Accionistas del Valencia el 10 de diciembre de 2013, algo que no sentó nada bien en el club.